El escudo municipal lo ordenó el H. Ayuntamiento de Puerto Vallarta en 1968 con motivo de la elevación del pueblo a la categoría de ciudad y se adoptó oficialmente el 31 de mayo de 1968, en el marco de los festejos por el quincuagésimo aniversario de Puerto Vallarta como municipio.
Fue diseñado por el pintor jalisciense José Manuel Martínez Peña.
Es un escudo de forma estilizada inspirado en la heráldica española y cuartelado en cruz.
En los cuatro campos simétricos se presentan la historia de Puerto Vallarta y su trayectoria económica y social.
La modesta vivienda asentada a orillas del mar y a la sombra de una palmera representa los orígenes del puerto, es un homenaje a los primeros pobladores. Fue fundado el 12 de diciembre de 1851 por don Guadalupe Sánchez Torres, su esposa Ambrosia Carrillo y algunos amigos como Cenovio Joya, Apolonio de Robles, Cleofas Peña y Martín Andrade, entre otros; quienes le dieron el nombre de Las Peñas de Santa María de Guadalupe al nuevo poblado.
La fase superior izquierda simboliza la principal actividad económica del puerto en la época actual que es el turismo representado por un pez vela, especie acuática que abunda en la bahía, y por las peñas que forman “Los Arcos”, sitio donde se puede bucear o nadar siendo uno de los principales atractivos turísticos y uno de los paisajes distintivos de esta municipalidad.
El campo inferior izquierdo representa el motivo por el cual la comisaría fue elevada a municipalidad y el porqué del cambio de nombre a Puerto Vallarta. El libro abierto representa la Constitución General de la República y la mención de los artículos 103 y 107 alude a la figura jurídica del juicio de amparo, que es una de las más nobles instituciones de la vida política de México ya que representa un eficaz sistema protector de las libertades individuales y de la supremacía de la Constitución. Con esto se brinda un perenne homenaje al trabajo creador del eminente jurista jalisciense Ignacio Luis Vallarta, quien dedicó gran parte de su obra a precisar la grandeza, limitaciones y destino de la valiosa institución jurídica del amparo; y en cuyo honor se erigió en municipalidad la comisaría de Las Peñas con el nombre de Puerto Vallarta, el 31 de mayo de 1918.
En la parte inferior derecha está representado el pensamiento y obra de los habitantes del puerto que siempre tienden la mano, con afecto y sinceridad, a todos los visitantes.
El escudo está enmarcado por un ancla marina que pende de un cable festonado como símbolo de que la ciudad, en términos poéticos, es hija del mar.
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